تستمد جامعة نجران اللوائح والأنظمة التي تعمل بها من نظام مجلس التعليم العالي والجامعات ولوائحها الذي أقره مجلس الوزراء بتاريخ 4/4/1414هـ، والذي يضم اللوائح التالية:

• نظام مجلس التعليم العالي.
• لائحة الدراسة والاختبارات للمرحلة الجامعية.
• اللائحة المنظمة للشؤون المالية في الجامعات.
• لائحة توظيف غير السعوديين في الجامعات.
• لائحة الابتعاث والتدريب لمنسوبي الجامعات.
• اللائحة الموحدة للدراسات العليا في الجامعات.
• اللائحة المنظمة لشؤون منسوبي الجامعة السعوديين من أعضاء هيئة التدريس ومن في حكمهم.
• اللائحة الموحدة للبحث العلمي في الجامعات.
• اللائحة المنظمة للجمعيات العلمية في الجامعات.